Не так давно резко подросла нагрузка на сайт, до стадии... ничего не работает, только жор ресурсов. 

Утилита atop позволяет сохранять логи, которые содержат различные метрики сервера. Очень удобно использовать для диагностики проблем  с производительностью. Работает в интерактивном и в фоновом режиме.

Установка Debian/Ubuntu

apt-get install atop

Для автозапуска достаточно:

service atop start

По умолчанию сохранение каждые 10 минут, данное значение можно изменить в файле /etc/default/atop или /etc/sysconfig/atop (переменная INTERVAL).

Чтение логов:
По умолчанию логи хранятся в директории /var/log/atop , именование файлов производится в формате atop-YYYYMMDD.

atop -r /var/log/atop/atop_20190101

Горячие клавиши:

m — выстроит процессы по занятой памяти;
d — построит процессы по использованию диска;
n — выстроит процессы по использованию сети (доступно только с установленным патчем);
v — покажет более подробную информацию о процессах (пользователя, дату и время начала процесса);
u — выстроит таблицу по самым прожорливым пользователям
i — изменение времени проверки, по умолчанию 10 секунд;
g — вернет все в дефолтный вывод;
t - переход к следующему временному интервалу;
Shift + t - переход к предыдущему временному интервалу;
Shift + m - сортировка процессов по занимаемой резидентной памяти;
Shift + с - сортировка процессов по потреблению CPU (по умолчанию);
Shift + d - сортировка процессов по использованию диска;
Shift + n - сортировка процессов по использованию сети;